Ogni cooperativa aderente è incardinata, oltre che nell’Unione Territoriale di appartenenza, anche in un’organizzazione settoriale in rifermento all’attività d’impresa svolta.

L’organizzazione settoriale della Confederazione delle Cooperative Italiane è articolata in otto federazioni, strutturate a livello nazionale e regionale:

La Federazione rappresenta le cooperative associate che operano nell'ambito del consumo e della distribuzione al dettaglio, oltre che nel settore delle utenze.

Confcooperative Cultura Turismo Sport associa cooperative che operano in vari ambiti, tutti legati al mondo della cultura e alle attività del tempo libero.

Confcooperative FedAgriPesca associa le cooperative agricole, agroalimentari, della pesca e dell’acquacoltura.

Confcooperative Federsolidarietà riunisce le cooperative e le imprese sociali attive negli ambiti dei servizi socio sanitari ed educativi e dell’inserimento lavorativo dei soggetti svantaggiati.

Confcooperative Habitat riunisce le cooperative di abitazione attive negli ambiti dei servizi alla casa.

Confcooperative Lavoro e Servizi rappresenta le cooperative di produzione e lavoro e che lavorano nell’ambito dei servizi.

Confcooperative Sanità associa le cooperative specializzate in ambito sanitario, le cooperative dei di medici, farmaceutiche e le mutue socio sanitarie.

Federcasse è la federazione di Confcooperative a cui aderiscono le Banche di Credito Cooperativo.